Kepelabuhanan merupakan masalah yang kompleks dan memerlukan penanganan yang konprehensif demi kepentingan semua pihak yang terkait. Kompleksitas masalah kepelabuhanan meliputi pembentukan lembaga-lembaga yang diperlukan beserta SDM; penyesuaian penyelenggara pelabuhan yang sudah ada terhadap diberlakukannya undang-undang kepelabuhanan ini; inventarisasi fasilitas dan peralatan kepelabuhanan beserta status dan standarisasinya; penetapan wilayah kerja pelabuhan; penyusunan Rencana Induk Pelabuhan; kaitan dengan Rencana Tata Ruang Wilayah dan lain-lain.

Berdasarkan analisa fakta, historis, kesisteman, legalitas dan perbandingan tersebut di atas dapat disimpulkan bahwa:

1. UU nomor 32 tahun 2004 tentang Pemerintahan Daerah cukup jelas menyatakan bahwa urusan pelayanan publik adalah urusan Pemerintah Daerah. Namun, karena pelabuhan mencakup permasalahan-permasalahan yang sangat luas, khusus dan strategis (lex specialis) bagi kepentingan bangsa dan negara maka penyelenggaraan pelabuhan diatur dan diselenggarakan secara bersama oleh Pemerintah Pusat dan Pemerintah Daerah (Asas Concurrent).
2. Pasal 22 ayat (2) UU nomor 21 tahun 1992 tentang Pelayaran menyebutkan bahwa “Pelabuhan umum diselenggarakan untuk kepentingan pelayanan masyarakat umum”. Sedangkan pelayanan masyarakat umum atau publik adalah urusan atau tugas dan fungsi pemerintahan, bukan Badan Hukum Indonesia khususnya Perseroan Terbatas yang mengutamakan keuntungan perusahaan semata.
3. Peranan Pemerintah Daerah sangat penting dalam pengembangan dan pembangunan pelabuhan mulai dari perencanaan dan penyusunan tata ruang, pengembangan infrastruktur, ijin lokasi, pengadaan tanah, pemberian hak atas tanah dan perairan, pengendalian lingkungan hidup serta, dari dan ke pelabuhan dan pembangunan pusat informasi pelayanan pelabuhan dan pelayaran serta muatan.
4. Dalam rangka penyusunan tata ruang wilayah, Pemerintah Daerah bersama-sama dengan Otorita Pelabuhan merencanakan dan menyusun Rencana Induk Pelabuhan (termasuk didalamnya DLKr dan DLKp) yang kemudian diusulkan menjadi bagian dari tata ruang wilayah setelah mendapat persetujuan dari Dewan Pelabuhan.
5. Peran dan fungsi Dewan Pelabuhan di Indonesia menyerupai peran dan fungsi Board of Commissioner dari beberapa pelabuhan di Asia seperti di Vietnam, Malaysia dan Thailand yang diatur melalui Port Act.
6. Pelabuhan merupakan infrastruktur fasilitas pelayanan publik dan penyelenggaraannya dilaksanakan oleh institusi pemerintahan yang disebut Otorita Pelabuhan. Dengan dibentuknya Otorita Pelabuhan maka peran dan fungsi Administrator Pelabuhan merupakan bagian dari fungsi Otorita Pelabuhan.
7. Bahwa perusahaan pelayaran yang menyelenggarakan trayek tetap dan teratur mendapat prioritas untuk menjadi terminal operator. Dengan persyaratan:
1. Pembenahan terhadap sistem terminal operator dan persyaratannya.
2. Ketepatan pemenuhan jadwal trayek kapal.
3. Adanya kontrak kerjasama dengan Otorita Pelabuhan setempat sesuai dengan ketentuan yang berlaku.
4. Penerapan penegakan hukum dan pengenaan sanksi atas pelanggaran yang dilakukan oleh Otorita Pelabuhan, Terminal Operator dan Operator fasilitas jasa pelabuhan lainnya.
8. Untuk mempercepat pembangunan infrastruktur pelabuhan, para investor swasta diberikan kesempatan untuk berpartisipasi dalam:
1. Mengembangkan dan mengoperasikan fasilitas penunjang pelabuhan dan terminal yang sudah ada;
2. Membangun dan mengoperasikan fasilitas penunjang pelabuhan dan terminal baru;
3. Pelaksanaan butir a dan b diatas dapat dilakukan melalui pola kerjasama dengan pihak lain sesuai dengan Peraturan Presiden nomor 67 tahun 2005.
9. Pemerintah diharapkan memberikan kemudahan dan keringanan baik dalam perijinan maupun pengenaan pajak di sektor kepelabuhanan dalam menumbuhkan daya saing.
10. Pelabuhan khusus sebagaimana dimaksud pada Pasal 30 UU Nomor 21 tahun 1992 tentang Pelayaran dalam RUU Kepelabuhanan ini disebut terminal khusus, dan dapat dipergunakan sebagai terminal umum setelah mendapat ijin dari Otorita Pelabuhan sesuai dengan norma, pedoman, standar, dan kriteria dengan mengacu peraturan perundang-undangan yang berlaku.
11. Pengembangan sumber daya manusia dalam bidang kepelabuhanan dilaksanakan dengan tujuan agar tercipta tenaga kerja yang profesional sesuai standard kompetensi. Dengan demikian dapat mendukung kinerja pelabuhan sehingga mempunyai daya saing dan memenuhi standard internasional.
12. Hal-hal yang harus diakomodasikan, antara lain :
1. Pemisahan yang tegas fungsi regulator dan operator pelabuhan;
2. Penyelenggaraan pelabuhan oleh Otorita Pelabuhan;
3. Penghapusan monopoli dan persaingan usaha yang tidak sehat di pelabuhan;
4. Penegakan prinsip no service no pay;
5. Sinergi yang erat dan harmonis antara Pemerintah dan Pemerintah Daerah;
6. Dengan adanya Dewan Pelabuhan dan Komite Kepelabuhanan Nasional diharapkan terjadinya simplifikasi birokrasi, sinkronisasi dan koordinasi dalam rangka transparansi dan good governance;
7. Penataan kembali masalah pertanahan dan perairan serta lingkungan hidup di pelabuhan;
8. Menumbuhkembangkan armada Pelayaran Nasional dan Pelayaran Inti Nusantara (Rakyat/Tradisional);
9. Perlu dibentuk Pusat Informasi Muatan di setiap pelabuhan;
10. Untuk menjaga kebersihan alur kapal dan kolam pelabuhan maka diwajibkan penggunaan fasilitas kebersihan seperti reception facilities;
11. Sistem keselamatan dan pengamanan pelabuhan pada umumnya, khususnya ISM Code dan ISPS Code;
12. Penerapan kembali kaidah – kaidah dasar pengoperasian pelabuhan termasuk diantaranya:
    • penanganan barang berbahaya sesuai dengan IMO-IMDG Code;
    • penerapan area Lini I dan Lini II sesuai ketentuan yang berlaku, larangan kegiatan trucklossing di dermaga;
    • agen kapal berkewajiban menyampaikan dokumen kapal dan barang kepada pihak terminal operator sebelum kapal sandar;
    • penerapan secara konsisten pola kerja aparat pemerintah (c-i-q) sesuai pedoman yang berlaku;
13. Setiap terminal operator pada masing-masing pelabuhan diwajibkan untuk menetapkan kinerja operasional dan menepati target yang ditetapkan;
14. Penataan dan pemberdayaan organisasi dan pola kerja buruh pelabuhan termasuk jaminan keselamatan kerja, jaminan kesejahteraan sosial dan pelatihan;