Peran dan fungsi pelabuhan dalam hubungannya dengan dukungan terhadap pengembangan armada nasional adalah sebagai pintu gerbang ekonomi dan penggerak kegiatan perdagangan dalam rangka meningkatkan dan mempercepat aktivitas ekonomi regional serta membuka isolasi daerah yang tertinggal. Dengan demikian maka penetapan pelabuhan dalam memenuhi peran dan fungsinya ke arah sasaran-sasaran tersebut diatas adalah sebagai berikut :

1. Pemerintah perlu menetapkan pembatasan jumlah pelabuhan internasional dimana pelabuhan-pelabuhan tersebut secara bertahap, yang  pengembangannya memenuhi kriteria kelas pelayanan yang setara dengan pelabuhan-pelabuhan lain di luar negeri.
2. Pemerintah perlu menetapkan skala prioritas kebijakan investasi terhadap pelabuhan-pelabuhan tersebut sesuai dengan perkembangan lalu lintas perdagangan yang terjadi.
3. Penetapan kelas pelabuhan mengandung resiko terhadap investasi yang cukup besar dan dalam rangka percepatan serta antisipasi pengembangan pelabuhan maka kebijakan lain perlu ditempuh yakni dengan penerapan asas cabotage sebagaimana diamanatkan dalam INPRES No. 5 tahun 2005 secara konsisten dan konsekuen. 
4. Perencanaan pengembangan pelabuhan dilaksanakan secara terbuka dengan memperhatikan industri perkapalan, trend perdagangan, kondisi & potensi ekonomi daerah sehingga peran dan fungsi pelabuhan dapat menjadi motor penggerak daerah layanan (port follows and promotes the trade)^[1].

Pada Pengembangan kedepan, peran dan fungsi pelabuhan menjadi sangat penting terhadap lingkungan sekitarnya, sehingga pada tahapan berikutnya kebijakan kepelabuhanan harus menegaskan kembali bahwa semua lokasi kegiatan bongkar muat yang berada di dalam DLKr di sebut Terminal, sedangkan lokasi kegiatan bongkar muat yang berada di luar DLKr di sebut Pangkalan dan loading point dan/atau tempat kepil. 

Pada tempat-tempat tertentu yang dimaksud di atas, difungsikan sebagai pangkalan, baik untuk kegiatan perikanan maupun kegiatan bongkar muat barang di daerah terpencil, penyelenggaraannya tetap berada dibawah Otorita Pelabuhan setempat.

Terminal adalah pendukung sistem transportasi laut dari satu pelabuhan ke pelabuhan lain. Fasilitas tertentu yang melayani kapal tertentu dan bukan sebagai sistem transportasi laut disebut Pangkalan.

Khusus untuk pangkalan TNI memiliki wilayah operasional olah gerak kapal tertentu yang kewenangan pengaturannya berada di bawah Departemen Pertahanan.

Oleh karena itu penyelenggaraan pelabuhan yang selama ini menimbulkan  biaya tinggi saat ini perlu segera diatasi. Pengoperasian jasa pelabuhan dan terminal dilakukan oleh  Badan Hukum Indonesia sesuai dengan peraturan perundangan yang berlaku. Dan untuk mendukung pengembangan armada pelayaran niaga nasional maka pengoperasian terminal pelabuhan diutamakan pelaksanaannya oleh perusahaan pelayaran nasional yang menyelenggarakan liner services.

Pembangunan fasilitas pelabuhan dan/atau terminal di pelabuhan dapat menggunakan dana swasta dengan pembayaran kembali dana tersebut melalui kontrak penggunaan jasa fasilitas pelabuhan dan terminal pelabuhan yang dibangun.

Pembangunan fasilitas pelabuhan dan/atau terminal  harus mengikuti perkembangan ilmu pengetahuan dan teknologi informasi dan memenuhi standard dan kriteria yang berlaku.

Penyelenggaraan pelabuhan adalah tugas dan fungsi pemerintahan. Indonesia pernah mempunyai port authority yang diterjemahkan dalam arti sempit sebagai penguasa pelabuhan yang militeristik (karena dalam keadaan darurat perang), pada tahun 1964 s/d 1969 berdasarkan Perpres No. 18 tahun 1964.

Karena fungsi penguasa pelabuhan mempunyai konotasi yang bersifat militeristik tersebut, maka berdasarkan PP No. 1 tahun 1969 dan KEPPRES No. 44 tahun 1969 diubah menjadi Administrasi Pelabuhan/Badan Pengusahaan Pelabuhan yang dipimpin oleh Administrator Pelabuhan, untuk pelabuhan yang diusahakan dan Kepala Pelabuhan untuk pelabuhan yang tidak diusahakan.

Dengan terjadinya pengaturan penyelenggaraan kepelabuhanan yang semestinya tugas pemerintahan dilakukan oleh badan usaha dalam hal ini oleh Badan Usaha Milik Negara sebagai Penyelenggara Pelabuhan, maka diusulkan Otorita Pelabuhan sebagai Penyelenggara Pelabuhan yang berfungsi sebagai regulator dan fasillitator di pelabuhan. Hal ini selaras dengan Port Authority di negara lain.

Otorita Pelabuhan merupakan lembaga penyelenggara pelabuhan yang profesional dan terdiri dari personil yang diusulkan oleh Pemerintah, Pemerintah Propinsi dan Pemerintah Kabupaten/Kota dan ditetapkan oleh Pemerintah. Otorita Pelabuhan diangkat dan diberhentikan oleh Menteri setelah mendapat persetujuan dari Pemerintah Daerah.

Otorita Pelabuhan bertanggung jawab kepada Dewan Pelabuhan.

Saat ini kita tidak memiliki Dewan Pelabuhan, oleh sebab itu kebijakan apapun yang dilakukan Penyelenggara Pelabuhan yang diusahakan sukar untuk dikoreksi oleh para pemangku kepentingan pelabuhan. Dengan kewenangannya sebagai penyelenggara pelabuhan, penyelenggara pelabuhan yang diusahakan lebih berkuasa dari Syahbandar. Diusulkan dibentuk Dewan Pelabuhan di setiap pelabuhan yang dipimpin oleh Gubernur atau Bupati/Walikota, dan ditetapkan oleh Menteri, untuk mencegah terjadinya penyalahgunaan wewenang.

Dewan Pelabuhan terdiri atas wakil dari Pemerintah, Pemerintah Daerah dan Kamar Dagang dan Industri Daerah yang terdiri dari Asosiasi Pelayaran, Asosiasi Pengelola Terminal, Asosiasi Pengguna Jasa Kepelabuhanan, serta  Akademisi, Pakar Hukum  dan Pakar Di Bidang Pelabuhan.

Adapun peran dan fungsi Dewan Pelabuhan untuk memberikan arahan dan pengawasan kepada Otorita Pelabuhan dalam rangka menumbuhkembangkan pelabuhan sehingga lebih berdaya saing, efisien dan efektif.

Dewan Pelabuhan bertanggung jawab kepada Pemerintah.

Komite Transportasi Nasional juga tidak ada saat ini. Dengan kompleksnya isu kepelabuhanan, dan permasalahan kepelabuhanan secara nasional yang mempunyai kaitan dengan para stakesholder/pemangku kepentingan di tingkat lokal, nasional dan regional maka diperlukan suatu institusi yang dapat berfungsi sebagai:

1. Mediator dan fasilitator baik antar Departemen dan non Departemen Pemerintah, antar Daerah maupun antar stakeholders.
2. Mengusulkan kepada Pemerintah :
   • Kebijakan Sistem Kepelabuhanan Nasional.
   • Norma, pedoman, standard dan kriteria penyusunan Rencana Induk Pelabuhan.
   • Norma, pedoman, standard dan kriteria kelas pelabuhan.
   • Standard dan kriteria kompetensi personil Dewan Pelabuhan dan Otorita Pelabuhan serta Syahbandar.
   • Norma, pedoman, standard dan kriteria Daerah Lingkungan Kerja Pelabuhan (DLKr) dan Daerah Lingkungan Kepentingan Pelabuhan (DLKp).

Komite Transportasi Nasional terdiri dari wakil pemerintah, pemangku kepentingan pelabuhan, Kamar Dagang dan Industri Indonesia yang terdiri dari  Asosiasi Perusahaan Pelayaran, Asosiasi Operator Terminal dan lain-lain, Akademisi, Pakar Hukum Maritim dan Pakar Pelabuhan.

Komite Transportasi Nasional dibentuk bertanggung jawab kepada Presiden.

Pengaturan tugas dan fungsi Syahbandar sebagai kepala pemerintahan di pelabuhan melaksanakan pengawasan dan pengendalian kegiatan-kegiatan pelabuhan perlu dikembalikan sesuai dengan aturan nasional dan internasional yang berlaku.

Syahbandar sebagai pimpinan umum dan penanggungjawab di pelabuhan berdasarkan kuasa undang-undang.

Syahbandar memiliki kewenangan sebagai berikut :

1. Kepala pemerintahan dipelabuhan;
2. Koordinator fungsi-fungsi pemerintahan dipelabuhan;
3. Menyelesaikan hambatan-hambatan teknis yang terjadi dipelabuhan;
4. Atas perintah pengadilan melakukan penahanan terhadap kapal dipelabuhan;
5. Sebagai penyidik atas pelanggaran dan atau tindak pidana di pelabuhan;
6. Mengeluarkan izin kegiatan di fasilitas pelabuhan dan terminal;
7. Melaksanakan pendaftaran kapal; pengesahan perjanjian kerja laut; sijil awak kapal dan legalisasi jurnal (log book) kapal;
8. Menerbitkan Port Clearance in/out;
9. Melaksanakan pengawasan, penertiban dan penegakan hukum di pelabuhan;
10. Membina keselamatan dan keamanan sesuai hukum Nasional dan Internasional  yang berlaku;
11. Membina perlindungan lingkungan  di pelabuhan;
12. Mengendalikan penanganan musibah di pelabuhan dan di sekitar perairan pelabuhan;
13. Melaksanakan investigasi kecelakaan-kecelakaan di pelabuhan;
14. Melaksanakan fungsi pengawasan negara pelabuhan sesuai konvensi-konvensi Internasional  yang berlaku dipelabuhan;
15. Menyelenggarakan sistem informasi lalulintas kapal;
16. Superintenden pandu;
17. Mengumumkan berita cuaca yang bersumber dari Badan Meteorologi dan Geofisika setiap hari;
18. Fungsi-fungsi lain yang ditetapkan sesuai peraturan perundang-undangan yang berlaku.

Aturan pemanduan dimasukan dalam RUU Kepelabuhanan karena fungsi pemanduan adalah untuk kepentingan keselamatan pelayaran dan Pandu ditunjuk sebagai Penegak Hukum di perairan pandu. Pemanduan juga dapat dilakukan di luar pelabuhan seperti di perairan tertentu (Selat Sunda, Selat Lombok, Selat Makasar dan lain-lain) maupun kegiatan lain di pengeboran lepas pantai.

Pelaksanaan pemanduan dapat diselenggarakan oleh Badan Hukum Indonesia selama berada dibawah pengawasan Syahbandar sehingga BHI tersebut mempunyai tanggung jawab ke-perdata-an kepada pihak lain yang terkait.

Perubahan yang dikehendaki dalam masalah pemanduan yaitu mengembalikan peran Syahbandar sebagai superintenden Pandu dan setiap pandu harus mempunyai kompetensi profesional dan terjamin kesejahteraannya, serta individu Pandu tidak lagi dikelola oleh PT. (Persero) Pelabuhan Indonesia.

Pengaturan pemanduan direncanakan pelaksanaannya dilakukan secara universal sebagaimana yang lazim dilakukan di negara-negara lainnya, dengan tujuan terpeliharanya profesionalitas, independensi dan kesejahteraan Pandu.

Dari segi pengusahaan di pelabuhan terdapat berbagai pihak dengan kepentingan tertentu yang perlu diakomodasikan antara lain :

1. Perusahaan Pelayaran, sebagai pengguna jasa utama di pelabuhan dalam rangka kegiatan  arus keluar masuk kapal dan muatan di pelabuhan.
2. Operator terminal, sebagai institusi yang melaksanakan pengoperasian terminal seperti bongkar muat barang, hewan dan naik turun penumpang serta kegiatan kepelabuhanan lainnya.
3. Perusahaan Bongkar Muat (PBM) yakni perusahaan yang melaksanakan kegiatan bongkar muat dari dan ke atas kapal yang meliputi :
   1. Stevedoring (kegiatan melakukan bongkar/muat dari dan ke kapal ke sisi kapal/di atas tongkang)
   2. Cargodoring (kegiatan melakukan pengaturan penumpukan barang ke gudang dan lapangan penumpukan)
   3. Warehousing (kegiatan penyimpanan barang)
   4. Receiving/Delivery (kegiatan penerimaan dan penyerahan barang)

   Catatan : Untuk muatan cair/gas bongkar muat dilakukan melalui fasilitas pipa.

4. Pengelola Tenaga Kerja Bongkar Muat :

   Pada prinsipnya setiap perusahaan yang bekerja di pelabuhan berhak memiliki tenaga kerja inti (tetap). Dalam hal kekurangan tenaga kerja dapat menggunakan tenaga kerja tidak tetap yang dikelola oleh Pengelola Tenaga Kerja Bongkar Muat (TKBM terdidik).

5. Pengelola Perusahaan Salvage, sebagai perusahaan yang melaksanakan kegiatan menyelamatkan/mengangkat kapal–kapal mati (wreck) yang mengganggu alur pelabuhan.
6. Usaha terkait lainnya seperti perusahaan surveyor, perusahaan angkutan, asuransi, perbankan,  perusahaan penyedia air tawar, perusahaan penyedia kebutuhan kapal, perusahaan penyedia BBM, pengolah sampah dan limbah, perusahaan tank cleaning, perusahaan penyewaan alat-alat berat dan perusahaan jasa security.

Revisi UU No. 22 tahun 1999 menjadi UU No. 32 tahun 2004 tentang Pemerintahan Daerah semakin  menegaskan tugas dan kewenangan Pemerintah Pusat dan Pemerintah Daerah Propinsi, Kabupaten/Kota. Urusan wajib yang menjadi kewenangan Pemerintah Propinsi /Kabupaten dan Kota meliputi antara lain :

• Perencanaan dan pengendalian pembangunan;
• Perencanaan, pemanfaatan dan pengawasan tata ruang;
• Penyediaan sarana dan prasarana umum;
• Pengendalian lingkungan hidup;
• Pelayanan pertanahan;
• Urusan wajib lainnya yang diamanatkan oleh Peraturan Perundang-undangan.

Atas dasar hal tersebut diatas di dalam pembangunan kepelabuhanan (untuk pelabuhan baru) di daerah dengan peranan Pemerintah Daerah sangat penting mulai dari pemberian izin lokasi, pengadaan tanah, pemberian hak atas tanah dan perairan serta pengendalian lingkungan, perencanaan, penyusunan tata ruang dalam rangka penyusunan Rencana Induk Pelabuhan (antara lain penetapan daerah lingkungan kerja/DLKr dan daerah lingkungan kepentingan/DLKp).

Adapun untuk semua pelabuhan yang sudah ada dan beroperasi,  Otorita Pelabuhan diwajibkan membuat Rencana Induk Pelabuhan (RIP) bekerjasama dengan Pemerintah Daerah terkait dengan perencanaan, penyusunan tata ruang, pemberian hak atas tanah dan perairan serta pengendalian lingkungan hidup.
Selain yang menyangkut masalah perizinan dan perencanaan, Pemerintah Daerah di masa depan akan berperan aktif dalam pengarahan penyelenggaraan kepelabuhanan bersama Pemerintah Pusat dalam institusi Dewan Pelabuhan.  Dalam Dewan Pelabuhan Pemerintah Daerah dan Pemerintah Pusat bekerjasama dalam mengarahkan penyelenggaraan pelabuhan sesuai dengan potensi daerah dan strategi nasional.

Selain itu dalam institusi Otorita Pelabuhan, pelaksanaan otonomi daerah dapat mewujudkan penyelenggaraan pelabuhan secara efektif dan efisien. Keberadaan Otorita Pelabuhan juga memberikan kesempatan kepada tenaga profesional baik daerah setempat maupun daerah lainnya untuk turut berperan aktif.